Подскажите пожалуйста с чем может быть связана такая проблема: в условиях цен в заказе дублируются условия MWR1, MWR2, MWR3?

Похоже на то, что у вас определяется более одного кода НДС (если вы по триггеру работаете). Во избежание поставьте в последовательности доступа для НДС на всех таблицах индикатор "Монопольный".

посмотрел в условиях - для триггера MW01 нашел только одну запись условия.
причем дублирование возникает только в одном тестовом манданте, в другом тестовом манданте все нормально (ведь последовательности доступа мандантонезависимые)

Таблиц в доступе сколько?

Совсем недавно боролся с такой же проблемой... Поставил галку Определение условия вручную для условий налогов и было мне счастье.

Поскольку при использовании триггера условия пропихиваются в SD из FI как-то поособенному, то они вообще не должны автоматически определяться в SD. Именно поэтому строки всех налоговых видов условий кроме самого триггера должны быть помечены как вводимые вручную. Тем самым задается их положение в схеме калькуляции.

Все эти MWR* можно (просто ради интереса) вообще не вставлять в схему калькуляции в SD, но тогда их положение (номер строки) будут системой по какой-то ей одной известной логике определяться и результат будет весьма прикольный. Не воспринимайте это как совет, это нерабочее решение.