Привет. При сторно поступления материала либо счета-фактуры в MM, в финансовых документах не видно к какому документу было сделано сторно.Подскажите, пожалуйста,существуют ли какие-либо настройки, либо механизмы для переноса этих данных в финансовые документы?

Думаю, что если на материальном счете поставить ключ сортировки "заказ+позиция" - то потом по полю присвоение можно все отследить.

Интересно еще то, что в таблицах ММ, информация по сторнированным документам хранится как для движений материалов, так и для счетов. Но вот как эту информацию передать в финансовые документы? Замещения и OpenFI не подходят, так как номер документа и ссылочный ключ при их отработке еще неизвестны.

Это решается через экзит в ММ. Обратись к соотв. консультанту пусть найдет нужный. Там наверняка есть в стуктурах поле сторнируемой с/ф или движения материала. См. что писал OlegDM:
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=20002