Уважаемые дамы и господа!
Существует ли возможность сторнировать подтверждение частично?

нет. только если заказ подтверждался частями, тогда эти части можно сторнировать.

Можно провести корректоровку. Например в транзакции mfbf для этого даже вынесена одна кнопка +/-. Нажимаеш - и проводи частичное сторнирование.
Но все равно лучьше сделать сторнирование документа и заново провести выпуск.