Ситуация:
Есть сч/ф 2005 года, т.е. для НДС действует правило "по оплате"
сч/ф оплачена частично и соответственно висит в открытых позициях (НДС по этой оплаченной части уже перенесен);
при запуске J_3RFUM25 предлагается перенести НДС по оставшейся НЕоплаченной части
Не пойму в чем дело

Проверьте, нет ли другой оплаты с заполненным REBZG'ом в позиции кредитора на эту счет-фактуру.

Неа, другой нету, только одна.
Неужели ни у кого не было похожего глюка?