Можно ли для двух разных БЕ (либо Разделов персонала) использовать одинаковые табельные номера (т.е. как завести в БЕ1 СотрудникаХ с табельным номером 001 и в БЕ2 СотрудникаУ с табельным номером 001).
Если ДА, то какие настройки надо выполнить?

нет нельзя

можно преднастроить разные диапазоны номеров для разных подразделов.
и скажем сделать 1ххххххх для одного подраздела
и 2ххххххх для 2-го

Можно, если БЕ описаны в разных клиентах (то бишь мандантах)

ага или серверах