Ситуация следующая:
1. Создали фактуру от поставщика (кредитовали 60* счет, дебитовали 35* и 19*).
2. Сторнировали созданную фактуру (дебитовали 60*, кредитовался 19* и 15* счет)
3. Естественно автоматическое выравнивание не прокатывает так как в документах разные счета 15 и 35.

Задача:
1. Как выровнять теперь 15 счет.
2. Почему в документе сторно фактуры кредитовался 15 сч. а не 35.

При вводе фактуры от поставщика не должен дебитоваться 35-й счёт, 35-й задействован только при вводе ведомости! Если вы делаете сторно фактуры в которой был 35-й, то по идее в документе сторно тоже должен быть 35-й... Автопроводки не менялись в момент между прямой проводкой и сторно?
Автовыравнивание делаете в J3RCREV?

Он может дебетоваться при вводе счет-фактуры, если стоит галочка ПМ/без оценки.
Кстати, может ее как-то сумели снять/поставить после проводки прямой фактуры?

Кстати да... забыл...
А снять галку после проводки фактуры действительно нельзя...

Настройки автоматических проводок не меняли, галочка ПМ/Без оценки не стоит.

Предполагаю нужно менять настройки.

Вопрос в том как сделать всё правильно? Подобные настройки индивидуальны для предприятий? Или есть смысл поспрашивать, у кого и как это организовано?

Подскажите в каком месте искать эти настройки?

Не понятна цель, поэтому настройки Вам не скажут. Скажите, какую задачу вы хотите решить в системе
А насчет изначального вопроса: в истории заказа по этой позиции у вас всего 2 документа?

Думаю, есть смысл описать ситуацию подробнее. Опишу с т.з. проводок, формирующихся в системе.
1. Создан зака на поставку услуг с контировкой на проект.
2. Сделано подтверждение работ/услуг на 7254,24р (Д35 К15).
3. Создан сч-фактура на 4372,88р (К60-5160р Д15-7254р К35-2881,36р Д19-787,12р)
4. Создан еще один сч-фактура на 2881,36р (К60-3400р Д35-2881,36р Д-19-518,64р)

Если на этом остановится, видно что в п.4 35счет дебитуется. Тут говорили что этого не должно быть, если не стоит галочка ПМ/Без оценки. Галочка не стоит, но 35 дебитуется.

Пунктом 2 и 3 вы закрыли 15 счет.
Раз не было в п.4 проводки по 15 счету, значит это была не фактура, а доп. дебетование.
Доп. дебетование и провело прямую проводку на счет затрат.

В том то и дело, что п.4: операция -"Счет-фактура", вид документа - "Счет-фактура брутто".

Смоделировал сейчас такую же ситуацию. Как я полагаю, у Вас количество услуг в заказе было равно 1. Таким образом, при проводке второй и последующих фактур получается в скопированных позициях заказа всё количество услуг уже выбрано (поле "Количество" пустое и недоступно для изменения), в поле "Сумма" можно проставить сумму по входящему счёту-фактуре. И при операции "Счёт-фактура", и при дополнительном дебитовании выполняется одна и та же проводка и создаётся документ вида "Счёт-фактура брутто".
Фактически в обоих случаях выполняется доп. дебитование и 15-й счёт тут неуместен

Если же всё-таки нужно чтобы вторая и последующие фактуры были с 15-м счётом, то можно, например, при создании контракта на экране выбора услуг поменять местами количество и сумму, и точно так же копировать всё в заказ и ведомость (т.е. закупить 100 услуг по 1 рублю вместо одной за 100р.). Это позволит создавать на один контракт произвольное количество последующих документов и регистрировать по несколько счетов-фактур без использования доп. дебитования.

К сожалению с контрактом мне не понятно, так как они у нас не ведутся.

Но хочется решить проблему.

Неважно как у Вас отражается Ваш бизнес-процесс в системе, просто нужно создать документ, предшествующий счёту-фактуре, таким образом, чтобы всегда была возможность ввести счёт-фактуру с ненулевым количеством и при этом не получить сообщение о превышении количества в вышестоящем документе. Вот, например, как я предлагаю создавать ведомость:

http://tinypic.ru/?do=view&pic=2008120372742_772.jpg
Точно так же нужно сделать и во всех предшествующих документах.

Если контракты у Вас не ведутся, то может быть расскажете как всё ведётся, чтобы можно было давать более конкретные пояснения?

У меня в заявке на проекте "количество" и "цена" заполнены наоборот, и в ведомости, аналогично (и как на Вашей картинке). Видимо, еще нужно в заказе на поставку так же менять местами цену и количество.

На Вашем примере:
Чтобы получить тот результат, которого Вы хотите добиться нужно ввести счета-фактуры следующим образом:
В п.3 Вы вводите с/ф с количеством 4372,88 ед. работы по цене 1 руб. за 1 ер.
В п.4 Вы вводите с/ф с количеством 2881,36 ед. работы по цене 1 руб. за 1 ер.
Это должно получиться, т.к. Вы говорите, что у Вас поменяно количество с суммой в ведомости.