Добрый день!
Подскажите пожалуйста , как настроить наследование значения XREF3 при выравнивании по основному счету ?

Смотря куда наследовать собираетесь.
От выравнивания трех позиций (две по дебету, одна по кредиту) у вас может образоваться
- документ без позиций вообще
- документ из одной позиции по заданному счету (плюс возможны курсовые)
- документ из двух позиций по заданному счету (плюс возможны курсовые)
- документ из трех позиций (плюс возможны курсовые)
Любое выравнивание всегда есть результат сравнения системой контировочных полей + полей из правила выравнивания, присвоенного счету.
Чтобы наследовать поле, таким образом, нужно гарантировать, что каждая позиция выравнивания в документе выравнивания порождает самостоятельную новую позицию.
Для этого XREF3 надо добавить в правило выравнивания в OBIA.
А потом присвоить новое правило выравнивания виду счета 'S' в OBIB.