Необходимо вызывать из R/3 загрузку данных в BW.
Предполагаемое решение - на стороне R/3 через RFC-call вызывать ФМ на стороне BW, в котором вызывать загрузку данных (запускать инфопакет). Каким образом вызвать запуск инфопакета из ФМ?
Какие ещё варианты решения проблемы могут быть?

( Каким образом вызвать запуск инфопакета из ФМ? )

посмотри транзакцию BAPI в BW-системе, там есть все функции для работы с инфопакетами.

RSSM_SDL_START_INFOPACKAGE