На основании данных IDOC-а в системе R/3 формируется сбытовой заказ.

При загрузке IDOC получаем 2 критичных по типу сообщения:
1. Внутренняя ошибка: 1, 000001, CFG_IS_INCONSISTENT_OR_INCOMPLETE (№ сообщения CU 013),
2. Позиции 000002 нет (№ сообщения V1 331).
Из-за данных ошибок IDOC не загружается.

Выше указанные сообщения, связанны с неполнотой конфигурации материала и появляются в процессе фоновой обработки IDOC-а.
Проведённый анализ конфигурации материала в IDOC-е и через транзакцию СU50 в системе R/3 показывает полное соответствие конфигурации между ними.

Каким образом можно понять, что именно неправильно в конфигурации материала?

Боюсь, только отлаживать проволку айдока в дебагере (we19 позволяет это делать довольно удобно)