Делаем планирование на сл. месяц. На МВЗ были запланированы затраты путем копирования с текущего месяца (KP97). Потом эти данные удалили KP06. При просмотре KSBB данные выходят. Где еще нужно удалить суммы?

где именно смотрите в ksbb, в каком отчете?
Предполагаю, что вас смущают отдельные позиции, которые записались, тогда с ними надо смириться или архивировать...

Разобрались сами. Суммы были заведены в KP06 не только по МВЗ и виду затрат, но еще и по виду работ. А мы это не учли. Суммы удалили.