Добрый день!!!
Подскажите плз как лутше организовать изменение структуры предприятия касательно МВЗ?

Что вы попнимаете под структурой?
Стандартную иерерхию? Так из нее нельзя удалить в периоде. Она существует только в одном экземпляре без истории.
Само по себе удаление МВЗ из системы проблематично. Можно только создать периода и в нем его заблокировать.

К примеру, старое МВЗ больше не используется, но отчеты по нему за прошлые периоды надо видеть. А проводки план/факт должны быть для него недоступны.

KS02
Меню "Обработать/рассматриваемый период"
наживаешь кнопку "Дугой рассматриваемый период".
указываешь дату начала периода, говоршь ОК.
теперь ты редактируешь МВЗ во вновь созданном периоде.
заходишь на вкладку "управление" и поднимаешь все глаки.
МВЗ для проводок на него заблокировано