При прогоне ППМ заявки и резервирования, созданные автоматически из под проекта(с пометкой особого запаса q) не учитываются, а если из под проекта создавать только резервирование, а заявку генерирует ППМ то при поступлении материала под особый запас заявка отрабатывается.
Можно ли исправить ситуацию, чтобы заявка + резервирования созданные из проекта учитывались при ППМ ?

Ну как вариант. Посмотрите в созданной из проекта завке, может при этом система устанавливает индикатор фиксации позиции заявки "ИндФикс" в подробных данных позиции на закладке "Количества и сроки". Такие позиции при прогоне ППМ не отрабатываются.

Нет, «Метка фиксации» не устанавливается, отличие м/у заявками найдено только на вкладке «Контактное лицо» поле «Создание» стоит производственный заказ, а в заявке сгенерированной ППМ Планирование потребности.

У Вас и резервирования и заявки создаются в PS? Резервирования - это потребность, заявки эту потребность покрывают, как Вы хотите чтобы резервирования+заявки учитывались в ППМ? Если будете создавать в PS только резервирования, тогда ППМ будет формировать на них заявки. А если заявки уже есть, как Вы их хотите обрабатывать в ППМ?

Если заявка сформирована не в ППМ, то ППМ ее уже не трогает по-моему, хотя могу и ошибаться. В MD04 эти заявки помечены звездочкой?

да, звездочка есть.
А есть способ как то "убить" эту заявку?

Пометить позиции на удаление

Удалить нельзя, не активна корзинка.
Похоже эту ситуацию не обойти.

В ME52N не дает удалить? Странно, может через PS тогда ее надо удалять?

нет, а ч/з PS пока не нашел.

Могу предложить создавать только резервирования и запускать MD51 или MD01, будут создаваться ППМ-ные заявки.

Выбор способа создания заявки из проекта связан с тем, что в этом случае идет проверка на наличие бюджета проекта.
Если создавать заявки при помощи ППМ (проект создает только резервирование) то не отрабатывается проверка бюджета PS.

А что означает звездочка у заявки в ППМ?