Использую программу J_3RFUM26 для учета НДС по основным средствам. Настроена цепочка кодов налогов S1->S2->SA. Вешаю НДС по НКС на код налога S2 (по отгрузке, фактически S1 технический код налога.). Ввожу в эксплуатацию и запускаю программы (...) и в конце J_3RFUM26. Все хорошо, вторичное событие сработало, НДС к зачету принимается. Одно но:) Программа формирует на каждую проводку переноса налога, по пакетнику. Запускаю пакетник, она начинает выравнивать позиции 19 счета. И тут незадача, в условиях только номер документа переноса налога, номер счета фактуры благополучно потерян. Кто-нибудь с этим встречался?

Проверил, в документе SA (68-19) в ссылке проставляется номер с/ф, год, и номер позиции в с/ф. В поле присвоение по 68 счету проставляется номер вторичного документа. Проводка и выравнивание происходит без отдельного запуска пакетного ввода.
Из вопроса не понял, вы проводку 19 - 60 на код S2 проводите?