Хочу собрать документа во второй валюте: валюты регистра USD. Но собирается по типу курса М. Есть возможность сменить тип курса при сборе документов в регистр?

В стандарте сперегистры читают характеристику валют из настройки валют БЕ (ракурс V_T001A). Если там для вашей второй валюты стоит тип курса М, то и спецрегистр будет собираться с этим типом курса.

Менять тип курса на продуктивных данных категорически не рекомендую.