Необходимо продать материал клиенту из запаса проекта. Использован вид поставки LP (поставка на основании проекта) в этом случае теряется связь с контрактом. Как продать материал клиенту из запаса проекта таким образом чтобы осталась связь с контрактом (или заказом клиента).

ну так и продавайте через SD заказ с контировкой позиции на СПП.
Отгрузка пойдет из запса проекта, если у вас все верно настроено.