Программа переноса оплаченных счет-фактур переносит не только оплаченные счет-фактуры, но и неоплаченные в отчеты PS. Как решить эту проблему. Зарание спасибо!

Вы имеете ввиду частично оплаченные?

Все счет-фактуры, которые вообще не оплачены или частично оплачены - программа CJFN видит их как оплаченные.

т.е. у Вас после выполнения программы переноса платежей у всех документов с типом значения 54 (счета фактуры), тип значения меняется на 57 ( или 61, 58 ) ?
На сколько я помню после прогона RFFMS300 у всех оплаченных счет-фактур тип значения меняется на 57, а у частично оплаченных появляется дополнительный документ на сумму оплаты с типом значения 54 и обратным знаком (плюсом) и на эту же сумму документ с типом значения 57 (с минусом).
ЗЫ. версия 4.7