Да, зашиваются % по периодам.

И каждый месяц надо эти проценты получается - вносить. Но сам процент может рассчитать только ОКС все так же "на коленках".
Какой-то замкнутый круг.
Я уже думаю о разбиении позиции счета-фактуры на подпозиции, с выведением туда ссылки на номер НКС. И обязывать ОКС при получении актов - разбивать их по НКСам. Чтоб при фактурировании можно было вытащить суммы, уходящие на каждый НКС пооперационно. И ставить их в правила расчета СПП - общими суммами.
Вобщем, дикий самопис какой-то.