Открытие заказа на основе сообщения -есть, а вот как создать заказ, а потом привязать его к конкретному сообщению?
Спасибо.

Ответ однозначный - если есть сообщение, то создаем заказ через стандартную транзакцию, потом идем в сообщение, где и привязываем номер заказа.
Просто возникает вопрос - какой документ через какой видеть нужно?

присвоить можно через Объекты (закладка в заголовке заказа), при открытии сообщения присвоенного таким образом видно к какому заказу оно присвоено.