Скажите,пожалуйста, если в сделке проведено два потока с одной датой, можно как-то сторнировать один. Когда помечаю на сторно один поток, второй помечается автоматически.

Такая ситуация возможна, когда вы используете ссылочные процентные ставки (или изменения процентной ставки). и процент этой ссылочной ставки (новой ставки) меняется посередине срока расчета процентов.
например: период расчета процента: с 01.07 по 31.07
ссылочная процентная ставка: ProcStavka на 01.07 = X%
а на 15.07 = (X+y)%

Т.о. у вас поток один, а проценты разные в периоде.
Сторнируя один любой поток, вы сторнируете и другое. ведь они по сути есть одно и тоже.

Вопрос, что и зачем вы хотите сторнировать?