Как правило, потоки из кредитной сделки, связанные с движением денежных средств, проводятся в 2 этапа, а именно: 1. Начиление задолженности, например, начисление процентов; 2. Собственно, движение д/с, то бишь факт, например, выписка банка, которая должна выравнивать проводку начисления процентов.
Оба эти этапа могут быть отражены на сделке как разные потоки. Соответственно, погашать задолженность, в зависимости от настройки, может как поток начисления задолженности, так и поток фактической выплаты.

Вопрос вдогонку - погашение Вы проводили именно тем потоком, который настроен, как S + SS ? Возможно, я пишу тривиальные вещи, но, после настройки потока необходимо настроить еще и условия для сделки с таким потоком, либо провдить спец. погашение с таким потоком.

Удачи.