Столкнулись с проблемой: расчет заказа (группы заказов) транзакцией KO88 (KO8G) начал заметно тормозить.
Аналогичная история и с транзакцией KOB5.

Подозреваем, что каким-то образом нарушилась индексация таблиц, с которыми работает программа.

Возможна и другая причина.

Подскажите, что возможно предпринять в этом случае?

Сходите к разработчикам и запустите вместе с ними трассировку.

Запускаете тр. ST12 или SAT, прогоняете тормозящий процесс, анализируете трейс.
После этого будет понятно где узкое место и можно перейти к анализу идей, как его расшить.