Здравствуйте!
Настраиваю схему перерасчета для заказов. Необходимо чтобы затраты уходили на счет ГК. В схеме перерасчета я прописала вид затрат, на который должны уходить затраты с заказа. Вопрос заключается в следующем: можно ли схему перерасчета настроить так чтобы затраты с заказа уходили не на один счет ГК, а на несколько да еще и в % соотношенни, которое в суме всех счетов (на которые расчитывается заказ) составит 100%.

Возможно есть другие варианты, не обязательно схема перерасчета.

Раскладку тоже тестировала. Но проблема в том что указав в получателях заказы и проставив % соотношение между ними, расчет заказа требует контировку, а у меня разные МВЗ в разных заказах.

Необходимо схеме перерасчета заказа добавить возможность расчета на Основной счет. Далее при создании заказа в правиле расчета указываете сколько нужно счетов ГК и на против каждого счета ставите процент расчета, но чтобы в итоге процент был не более 100%.

Если я так сделаю, то при расчете заказа система потребует контировку по счетам. Мне как раз и нужна контировка, но на разные МВЗ, а в таблице автоматических контировок я могу присвоить только 1 МВЗ.
Как быть в таком случае? Может как-то замещением можно прописать разные МВЗ, ведь на заказ затраты будут попадать через раскладку с разных МВЗ?

В таком случае необходимо делать замещение.

Правило замещения прописывать не требуется и автоконтировку тоже.
Далее после выше изложенных действий в правиле расчета двойным кликом на "получателе" заходим в подробности и в разделе "Получатель расчета" рядом со счетом ГК прописываем МВЗ.