Добрый день,
При перемещении между заводами возникла разница , которая легла на счет отклонений. После, перемещение было сторнировано (562 ВД). При закрытии РМ, сумма отклонений отразилась в категории "Не распределено" а не ушла вместе с 562 ВД. Что необходимо донастроить ?

ну, насколько я понимаю, 562 ВД - не есть сторно перемещения, если только вы не перемещали чудесным образом через 561 ВД...
Есть несколько вопросов:
1. Какими видами движения вы перемещали и как потом сторнировали?
2. Какое управление ценой и исчисление материалов на этих двух заводах?
3. В прогоне фактической калькуляции участвуют оба завода?
4. Какие настройки в OMX0 для использованных видов движения?
5. на каком из заводов возникла не распределенная сумма?

Вы правы, 562 - не сторно перемещения )
1. Перемещение было двухшаговое:
641 Отпуск
101 Поступление
А после выполнен 562

2. S \ 3

3. Да

4. Группа ВД не присвоена видам движений 101, 641, 562

5. Запас перемещался с X завода на Y, разница возникла на Y

Есть два выхода:
1. так не делать.
2. для добрасывания отклонений на счет входящего сальдо, присвойте группу движения с повторной оценкой балансового счета виду движения 562, но эта настройка сработает только для последующих движений...