Добрый день!

Мне нужно вручную провести счет - фактуру, в которой должна быть контировка счета выручки на МВП и статистическиЙ Внутренний заказ. В заказе стоит МВП 1, мне нужно сделать проводку на МВП2. В результате получается несогласованность МВП. Система игнорирует МВП2 и и берет МВП1 из Заказа. Подскажите как победить????

временно удалите из заказа МВП, потом вернете...

МВП обязательно для заполнение в Заказе. Удалить его нельзя. К тому же заказ используется как контировка при списании материалов. Удалять и возвращать МВП будет рискованно, так как повлияет на другие проводки.

Есть другие варинты?

Варинты, они всегда есть.

Например, написать замещение на МВП (срабатывает по заказу и имени пользователя, чтобы других не зацепить).
Активировать FI-замещение, провести фактуру, убрать замещение.

Если это единичный случай, то можно выполнить ручную проводку переноса в учете по МВП с одного МВП на другое.
Если встречается часто, то можно настроить цикл периодического переноса.