Если плановая цена больше фактической, то РМ делает проводки в кредит счета 90.2. Есть ли нота по переделке такой дооценки на на красное сторно? Нашел только про сторно заключительной проводки.

Уточню вопрос: кто-нибудь делал дооценку 90.2 через регистр красным сторно?

Документы, порожденные из контроллинга в стандарте обычно проводятся без красного строно даже в случае сторнирования (например сторнирование расчетов заказов). Если нужно красное сторно, то для этого пишут USER EXITы.