В периоде 1 было выполнено списание материала(упр.ценой S+3) (551вд).
Соответственно, рег.материалов распределил ценовые разницы периода 1 на это количество потребления на сумму А.
В следующем периоде 2 этот документ был сторнирован (552вд).
В итоге потребления в периоде 1 нет. Но ценовые разницы на потребление остались.
Получается что нельзя сторнировать такие документы прошлым периодом?
Как правильно поступить в таком случае?

Перед закрытием Регистра Материала все движения материалов и проводки по затратным счетам в периоде, который закрываете, нужно запретить на организационном уровне.

РМ уже был закрыт. А потом сделано сторно.
При этом проводки выглядят так:

Документ списания (551вд):
Поз КП Счет ГлавКнига Краткий текст счета Нл Сумма
1 99 2100000010 2100000010 ПФсобствПроизв-BSX 137 961,59-
2 81 9400000000 9400000000 ПотериОтПорчиЦенност 137 961,59
------------------------------------------------------------------------------------------
Документ сторно(552вд):
ВидДокум : WA ( Выдача материалов ) Дата проводки 30.09.2009
Поз КП Счет ГлавКнига Краткий текст счета Нл Сумма Влт
1 89 2100000010 2100000010 ПФсобствПроизв-BSX 137 961,59
2 91 9400000000 9400000000 ПотериОтПорчиЦенност 137 961,59-

ВидДокум : PR ( Изменение цены ) Дата проводки 01.10.2009
Поз КП Счет ГлавКнига Краткий текст счета Нл Сумма Влт
1 99 2100000010 2100000010 ПФсобствПроизв-BSX 17 374,47-
2 83 2100000096 2100000096 ПФсобствПр-UMB/AUM 17 374,47
------------------------------------------------------------------------------------------
Но в прошлом периоде (который закрыли) на счет 9400000000 улетело так же 22 518,39- ценовых разниц (пропорционально количеству потребления).
При сторно с 94 счета вернулась только сумма из документа, но не ценовые разницы. Они остались на 94 счете.
Второй документ FI c датой проводки 01.10.2009 - это ценовые разницы в стандартных ценах между периодами? По крайней мере сумма соответствует.

Проблема в том, что у вас было движение в периоде после того, когда РМ для этого периода был рассчитан. Вам нужно отучить пользователей от такой дурной привычки, либо перезакрывать Регистр

Второй документ FI - это ценовые разницы в стандартных ценах между периодами. Да.

Вопрос в другом: как правильно выполнить такую операцию?
Регистр закрыт, но деньги, пусть и следующем периоде, вернуть нужно.
Будет ли правильно вместо сторнирования, сделать проводку в MIGO 552вд с контировкой на 94 счет с указанием нужной суммы?

Все зависит от того, как у Вас схема обновления в регистре материалов настроена. Если данная операция отражается в РМ в категории "Потребление", то не поможет. Отклонения зависнут на счете отклонений для этого материала.

Да. В категории "потребление".
Тогда может быть 521 вд с указанием нужной суммы - это будет в категории "поступления"
?

С точки зрения контроллинга в этом случае должно пройти. Но не уверен, что это будет верно с точки зрения ММ и не будут ли возражения со стороны пользователей.

А вообще можно конечно поменять схему обновления для Регистра материалов (но это скорее на будущее), и данную операцию (и 521 и 522 Вд) перевести в категорию "Прочие увеличения/уменьшения запаса" (название точно не помню, нет системы под рукой). Тогда с отклонениями будет все ок.