При создании сбытового заказа с контировкой на внутренний заказ на внутреннем заказе появляется плановая выручка. Подскажите, пожалуйста, где это настраивается и как сделать, чтобы плановая выручка на внутренних заказах не появлялась?

Агде вы хотите, чтоб она появлялась? Можно настроить, чтобы позиция сбытового заказа была носителем затрат. Тогда его не надо будет контировать, и выручка и себестоимость будут на ней.

У Вас настроено автоматическое планирование выручки из плана фактурирования. Соответствующие настройки к плану фактурирования присваиваются профилю общего планирования. Если вы не хотите видеть плановую выручку, смените профиль общего планирования для видов заказа.

транз. OKOS - Ведение профилей планирования
транз. KOAP - Присвоение профиля планирования виду заказа.

Профиль планирования к виду заказа у нас не присвоен. Может как раз нужно присвоить?
Дело в том что, при создании сбытового заказа появляется плановая выручка на внутреннем заказе, но при просмотре отдельных позиций на внутреннем заказе появляется сообщение "Отдельные позиции плановых затрат выбрать не удалось".

Читните ноту 352984. Ежели решитесь применять - то в тексте ноты косяк с комментариями, так что надо вручную что-то там править.
После применения ноты необходимо будет почистить плановую версию от плановой выручки из сбыта - делается с помощью программки SD_PLANVALUE_UPDATE.