Включена фактическая дифференциация.
Все виды затрат связанные с видами работ включены в элемент - Прочие.
На производственных МВЗ отображается только зарплата и начисления - все эти виды затрат присвоены элементу Основная зарплата. Т.е. в дифференциации фактического тарифа содержится только элемент Основная зарплата. Призводство однопередельное с одним видом работ.
После расчета фактической калькуляции в дифференциации затрат в элементе Основная зарплата сумма больше, чем была на заказе от работы. Разница между суммой работ на заказе и в дифференциации вычитается из элемента Прочие - отсюда отрицательная сумма. Какие есть мысли, как в дифференциацию по Основной зарплате попадает сумма больше, чем должно быть?

странная у Вас какая то ситуация.
Если на заказ приходят затраты видом работ, то в фактической калькуляции в основной дифференциации этот элемент будет в строке "Прочие", строки "зарплата" при этом не будет.
Если же вы просмотрите фактическую калькуляцию с использованием вспомогательной дифференциации затрат (допустим, что такая у Вас есть и в ней тоже определены элементы зарплата и прочие), то у Вас будет пусто в строке прочие и не пусто в строке "зарплата", т.к. система использует дифференциацию тарифа работы.
кстати - Вы расчёт фактического тарифа выполняли для МВЗ? в отчёте по тарифам диффернциация нормальная? Вы переоценку по фактическим тарифам делали вручную или регистр это у Вас делает?

фактический тариф считаем, дифференциация в нем правильная, дооценку делаем вручную.
не согласен, что вся сумма по работам должна попасть в Прочие - на то тариф и имеет дифференциацию, чтобы разложиться по элементам. Вспомогательной дифференциации нет. тут вся проблема, что сумма в Зарплату попадает завышенная, а корректировка происходит с минусом по элементу Прочие с минусом.

А что у Вас в транзакции OKEV стоит для версии 0 текущего года на закладке "Вычисление тарифов" в списке "Повторная оценка" для факта, "Исходная операция" или "Собственная операция"?

Собственная операция.