В соответствии с МСФО признание объектов капитального строительства (балансовый счет 151*) и оборудования, требующего монтажа (балансовый счет 152*) осуществляется по справедливой стоимости (отличной от балансовой стоимости), в связи с чем необходимо провести дооценку данных объектов в бухгалтерском учете в системе mySAP ERP.

Подскажите, пожалуйста, каким образом реализовать данный процесс в системе?

Уверены, что именно в бух учете ? Как правило для МСФО используется отдельная область оценки и вот она-то и дооценивается.