Реально ли изменить схему элементов на продуктивной системе?
Чем это может грозить?

Изменить реально. Действовать начнет со следующего периода с момента создания, причем насколько помню со следующего календарного периода а не системного. То есть если вы измените схему элементов в июле, действовать она насчет только в августе.

Чем грозит. Грозит потерей предыдущей дифференциации. Как пример, у Вас были сделана плановые калькуляции по старой дифференциации, а фактическая уже по новой. Таким образом теряется возможность анализа.