Здравствуйте, коллеги!

Подскажите, можно ли каким-либо способом изменять процентные надбавки в плановой калькуляции динамически, или какой процент указал в настройке, с таким и живи?

И в какой табличке содержаться данные по этим процентным надбавкам?

Расширение COOM0001 Вам поможет.
Можно, например, создать поле в основных данных заказа, прописывать ставку в нем и подтягивать ставку при расчете надбавок
Либо заводить сразу несколько вариантов процентных ставок