При закрытии периода выяснилось, что для нескольких материалов в ОЗМ не установлен индикатор "РМ.актив", хотя на заводе регистр активирован и с большинством материалов всё ок.
За период уже сделаны проводки.
Скажите, как можно исправить эту проблему (установить индикатор) и почему такое произошло?

Скорее всего кто-то лазил ручками и подправил. Если активировать регистр, то все обрабатывается корректно. Попробуйте через CKMM цену материалам установить, но историю всех периодов по этим материалам в этом случае потеряете

Не факт. Все зависит от того какая настройка по умолчанию стоит - если "3" и обязательное и материал создавался после активации регистра, тогда да - кто-то поковырялся. В противном случае, просто забыли поменять исчисление цены при создании или не прогнали CKMM.