Добрый день форум,

Один из наших покупателей возвращает нам нашу продукцию и дополнительно присылает нам Товарную Накладную и счёт-фактуру. Бухгалтерия топает ножками и требует делать приемку товара с последующим проведением МИРО, с целью возврата НДС и указывая, что этого требует российское законодательство.

Прошу совета - как проводите возврат брака вы?

В моем понимании, вы должны выставить корректировочный сч.ф, а не покупатель вам.
По корректировочному сч.ф на уменьшение реализации у вас будет запись в книге покупок (итого НДС с реализации уменьшится), а у покупателя будет запись в книге продаж (итого НДС к вычету также уменьшится).

Следовательно если покупатель говорит, что будет выставлять на сч.ф, то нужно указывать что это делаем мы.

Делается корректировочный сч.ф., ЕМНИП на основании документа возврата (в нашем случае Sales Order), через МИРО?

Sales Order через МИРО? У вас веселая система...
Посмотрите в ветке SD, там подобные вопросы обсуждались...