Коллеги, доброго дня, может кто подскажет,

делаю прогон F110 для БЕ Москвы, все проходит нормально, делаю выгрузку файла и загрузку в CITI.

а вот по БЕ Питера делаю все то же самое, выгружаю txt файл, а вот в CITI не загружается. Я так понимаю, нужно что-то в CITI настраивать, или это SPRO?

Как питерский москвич скажу, что тут проблема на уровне ядра (для Питера оно другое). Нужно уровень поднимать, иначе ничего не получится... Московский САП не переваривает булки, паребрики, парадные, ...

а структуры файлов одинаковые получаются?

структуры одинаковые,
разница только в БИК, у Пиера другой БИК.