Программа автоматической корреспонденции счетов разбирает не все документы. Например, простой двухпозиционный документ, приоритеты счетов по которому настроены не разбирается, хотя здесь вообще должен работать основной алгоритм.

Возможно эти счета стоят в "запрещенных" парах по корреспонденции. В ручном режиме они разбираются полуавтоматически?

В запрещенных нет

Могу предложить еще раз проверить приоритеты, если все правильно и некоторые документы разбирает корреспонденция, а некоторые не разбирает, то напишите в SAP пускай ищут и исправляют технический баг.

Документ по настройке тут.
Транзакции J3RKAVI, J3RKGLK, J3RKKRD, J3RKKRL, J3RKKRS, J3RKKVL, J3RKNID, J3RKOBS, J3RKOBX, J3RKPAC.

Посмотрите, стандартная корреспонденция практически все разбирает, тем более если у вас всего 2 позиции.