У меня есть замещение (создавала в OBBH), в котором при проводке документа (транзакция FB05) заменяется код налога в таблице bseg. Формирую книгу покупок и в нее не попадают эти документы. Выяснила что в таблицу bset код налога записывается без изменений. Подскажите почему он не заменяется в bset и как это можно осуществить?

Может не насиловать систему, а попробовать FIELD-EXIT?
Все будет выглядеть для системы, как будто пользователь ввел нужное значение.
Кстати, замещение на каком моменте?

Замещение срабатывает в момент моделирования

Не, нужно попробовать на втором моменте или FIELD-EXIT.

попробовала на втором моменте - ничего...

Специально не поленился и проверил, на втором моменте код НДС меняется.
Я это делал в отладчике, но и через замещение будет работать.
Пилите, Шура, пилите... (с)

Обычно в таб. GB01 поле mwskz помечено как неизменяемое, соответственно, даже в подпрограмме его не изменить, после отработки замещений неизменяемые поля возвращаются в первоначальное состояние.
Соответственно, делаем его изменяемым и вперед.

В таблице GB01 уже давно все поменяла, иначе бы у меня и в bseg не поменялся код налога. А во второй момент замещения получаю тот же результат: в таблице bseg заменяются поля а в bset нет. Я так понимаю что запись в таблице Bset должна формироваться исходя из данных в bseg и bkpf. То есть bseg кластерная таблица и её содержимое при формировании документов распределяется по другим связанным с ней таблицам, bsid bsad bsik bsak и т.д. ......

Такая неконсистентность данных может быть только, если кто-то уже поломал систему. Стандартно, меняем BSEG-MWSKZ на втором моменте - BSET создается с новым кодом НДС.
Проверяйте.