Добрый день, коллеги

случай такой:
провел два аванса от покупателя: допустим 590руб и 360руб, попали в книгу продаж
сделал фактуру на 950руб, выровнял с _обоими_ авансами.
Появилась запись в книге покупок, но там Сумма счета вкл. НДС = 360руб
Почему такая логика в системе?

Такой логики нет. Записи в книге покупок по авансам покупателей берутся из документа выравнивания предоплаты, вот и вся логика. Смотрите на документ выравнивания.

Ситуация как у вас может быть, если у этих двух авансов были разные коды налога. Оба попадают в книгу продаж, но только один из них - в книгу покупок.

документ выравнивания включает в себя 2 позиции для 2 выровненных авансов.
посмотрел код программы:
Там перебираются в LOOPе все позиции и в качестве номера BELNR_INV (номер "счета-фактуры для книги покупок") берется номер последней позиции (на 360 руб), и оттуда же берется "Сумма счета"
на мой взгляд это ошибка в программе.

Даже если эту конкретную ошибку исправить, проблема с выравниванием одновременно 2х авансов останется.
В вашем случае у вас формируются в документе выравнивания отдельные позиции по каждому авансу (какое-то поле, критичное для выравнивания, у авансов отличается). Два одинаковых аванса будут выровнены одной позицией. И в книгу покупок попадет одна запись сразу на 2 аванса, хотя и с правильной общей суммой.
То есть отчет просто не рассчитан на случаи, когда выравнивают сразу 2 аванса.

По взрослому, прежде чем выравнивать авансы с фактурой, стоит выполнить перерасчет аванса F-39. Почему вы его не делаете - пользователи "не хотят"?