Если указывать код НДС в документе-основании для платежа, АПП автоматически будет формировать строку НДС в назначении платежа в платежном поручении.
Я ставлю код НДС в требовании авансового платежа, при этом система в АПП выполняет проводки (у нас формируются проводки по исходящим платежам в АПП):

Дт 60 Кт 51тех
Дт 19 Кт 76(перерасчетный).

Можно ли избежать проводки НДС по счетам?