Здравствуйте!
Подскажите пожалуйста, почему при выравнивании дебитора(кредитора) нацело при условии что счет ГК, ФП, МВП совпадают, формируется документ с позициями?В чем может быть дело?

Значит что-то не совпадает...
Посмотрите в таб. BSEG выравниваемые позиции, "что-то" в них отличается, и это "что-то" создает позиции для выравнивания этого "чего-то".
Если от этих позиций избавиться не удается, поставьте в одной из них "Красное сторно" и обороты не увеличатся.

По BSEG сравнивала, все контировки совпадают. Красное сторно я поставлю Обнаружили, что эта проблема появилась после активации гибкой ГК. Если ее деактивировать- документ выравнивания формируется "пустой". Проблема в том, что ее нельзя деактивировать, надо искать другой выход.

Да, тут где-то darkduck говорил, что вроде есть нота, в которой говорится, что при ГГК выравнивание с позициями, типа так нужно.

Проверьте еще по полям настроенным на спллитинг:
SPRO -> Финансы (нов.) -> Бухгалтерия ГК (нов.) -> Бизнес операции -> Разделение документа -> Определить признаки разделения документа для бухгалтерии ГК
, не стоит ли на каком либо из полей, участвующих в выравниваемых документах, галка на опции "НулСальдо". Если стоит, то если в выравниваемых документах стоит разное значение по этой контировке, то документ выравнивания будет содержать позиции, приводящие обороты по этой контировке в "0".

PS: Хотя лучше приведите пример: какой транзакцией и позиции, созданные какими документами, выравниваете. Может и в самом деле при активированной ГГК у Вас документ не пустой должен создаваться, даже если все контировки у выравниваемых документов одинаковы.

Спасибо!