ПРи запуске прогарммы RFUMSV00 система выдает, что не настроен альтернативный счет задолженности. А где он настраивается не подскажите?

Этот счет нужен, насколько помню, для атоматического формирования документа по задолженности по НДС.
Вы заполняли при запуске "Проводка налогового платежа". Проверьте параметры, которые там заданы, если требуется сформировать документ.