Не совсем понятна схема расчетов с бюджетом.
Например по НДС. У нас есть счет НДС начисленный по кредиту, НДС к зачету по дебету. А также, контрлольный счет - внесено в бюджет НДС.
Каким образом делается оплата в бюджет?

Я вижу такой вариант:
Предварительно делать счет-фактуру на сумму оплаты в бюджет. И оплату выравнивать с этой счет фактурой. Но что в этой счет-фактуре ставить по дебету? И вообще правильно ли это?

По-моему, эта тема уже ни раз обсуждалась в той или иной степени.
68-1 - НДС по реализации
68-2 - НДС по полученным авансам
68-3 - НДС по налоговым вычетам
68-4 - общая задолженность по НДС (сальдо счетов 1, 2 и 3). Этот счет прописываете при формировании Декларации. Документ при этом формируется автоматически.
68-5 - расчеты с бюджетом, кредитор. Заводите ИМНС как кредитора и прописываете данный счет.
Потом проводите системный счет (FB60 или F-02) по данному кредитору в корреспонденции с 68-4. При этом заполняете с помощью ФМ строки 101-110 платежки.
Запускаете АПП. На основании данного счета платежка в Налоговую формируется автоматически.
Все

Теоретически можно с 68-1...68-3 перенести сальдо на 68-4 с помощью F.12 или с помощью аналогичной ручной проводки.

Если счет 68-4 контрольный, то вроде не перенесешь...

см.выше, 68-5 - кредитор

Согласен с darkduck, проводки на счет 68-4 проще сделать вручную, например транзакцией FB41 (в ней не надо указывать код НДС по счетам 68-1...68-3).

При использовании документов, формируемых автоматически при формировании, мы столкнулись с проблемами при отмене таких проводок (потом в декларацию не попадали нужные данные).