Вот к примеру: есть заграничный контрагент, оплата которому идёт через транзитный банк в России. Сумма платежа оформляется одному контрагенту (свой ТАП и платёжка), а уплата суммы НДС идёт в МНС по месту (т.е. свой ТАП и платёжка). При этом в назначении платежа первой платёжки требуется пробить "НДС оплачен платёжным получением № <вторая платёжка>".

Т.е. получается нужно както увязать между собой два разных ТАПа по двум разным кредиторам (и их соответствующие платёжки), чтобы можно было анализировать: наличие пары платёжек, правильность указания ндс-ной суммы, и, главное - правильно автоматически формировать назначение платежа. Отдавать шаловливым ручкам пользователей вколачивать в назначение платежа текст вручную - не желательно.

Чтото из стандартной функциональности можно задействовать, чтобы отслеживать такие перекрёстные ссылки? Или только доп.разработками (например openfi при модификации ТАПа запрашивать ссылку на номер парного док-та ТАП)?

На первый взгляд, я бы сделал АВАР-отчет, где можно было бы все это отследить. Хотя нужно более детально на конкретных примерах анализировать целесообразность разработки.