Лучше с базисниками хорошо прокопать эту ситуацию.
Слишком большие последствия для разрыва связи!

подскажите:
а какие могут быть варианты - при такой ситуации ?
Что могло произойти ?

Уже звучало в обсуждении - проблема с диапазоном номеров,
Могли быть проблемы с возникновением новой блокировки по любой из участвующих в выравнивании позиций.

Могли возникнуть проблемы с любой из дополнительных проводок - кто знает, что ЕЩЕ за документы у вас должны родиться в результате такой операции.

Может возникнуть совсем прозаичная ситуация - окончиться место в базе.

Сам попадал на недостаток места, на диапазоны в СО-документах и на проводку отложенного НДС (но это не на выравнивании).

Там проблема в том, что при выравнивании отобранных документов, часть позиций в документе уже выравнена.

Я уже писал, это не проблема - это последствия не доведенного до конца обновления.
Да, Вы сейчас пытаетесь вычистить эти последствия, но начинать нужно с идентификации проблемы остановившей обновления.

А есть какие-либо механизмы борьбы с некорректными документами ?
Например, с документом выравнивания, который проведен не до конца.
Например, отменить этот документ выравнивания и все документы вернуть в исходное состояние ?