При большом количестве (более 15) выравниваемых с позицией остатка открытых позиции программа J_3RCALD переходит в видимый режим и остаток считает не корректно, отражая остаток напротив нескольких сумм (т.е. задваивает). Может есть нота?

Нот нет.
Ошибка из-за некорректного создания пакетного ввода (экран 733 неправильно заполняется).
Или копируйте стандартную программу и правьте код заполнения 733 экрана (если много позиций, то переходить нужно не на следующий экран, а повторно заполнить 733) или обрабатывайте такие ситуации в ручную (когда транзакция вываливается в видимый режим нужно продолжить выбор и добавить для выравнивания все нужные позиции).

Спасибо, попробую