Подскажите, пожалуйста, хочу выполнить замещение некоторых полей в документе прогона программы платежей данными из первичных документов. В момент замещения никак не могу определить связь с первичным документом, хотя система проводит выравнивание документа АПП и счёта. Каким образом можно это сделать

Попробуйте сделать замещение на OpenFI (транзакция FIBF).