Здравствуйте!
Как Вы считаете, для чего в xdn1 и xkn1 для контрагентов той же группы указаны разные текущие номера? Ведь в таком случае не получится создать дебитора и кредитора с тем же номером. Какое-то вредительство.

Текущие номера присваиваются только интервалам с внутренней нумерацией.
Вы сами (или Ваши предшественники) создали эти интервалы с внутренней нумерацией. Отсюда, разумеется, система отматывает счетчики номеров "так, как они есть", присваивая кредитору и дебитору одной и той же группы ближайший свободный номер.
Чтобы синхронизировать кредиторов и дебиторов между собой, интервалы не создаются с внутренней нумерацией, они создаются со внешней. То же самое справедливо, если бы Вы использовали BP для централизованного ведения партнеров, там на данные объекты всегда устанавливается внешняя нумерация.
В Вашем случае все уже давно разъехалось. Конечно, не получится.