Продажа этой группы материалы осуществляется только внутрифирменно и этому внешнему поставщику. База НДС при продаже между фирмами корректно, а внешнему дебитору нет.

Тогда проверяйте схему калькуляции в сбытовом заказе.

Даже не знаю в чем может быть причина. Продаю дебитору товары с разными налоговыми классификаторами (J3, B5). Схема калькуляции подтягивается и в том и в другом случае одна и та же, но по налогу J3 попадает не та база налога в книгу продаж и в таб. BSET. В OBCG,OBCH, FTXP данные по J3 и B5 совпадают.

Все решилось, оказывается есть Z разработка, о существование которой я не подозревала

Все как обычно...