Коллеги, здравствуйте!
Может кому удалось решить задачу частичного автовыравнивания через F.13 или J3RCALK входящего счета и частичных оплат по нему через ТП?
F.13 частично не выравниваниет. В j3r есть спец.опция частичного выравнивания с галкой "требуется ссылка на счет". Через него получится делать частичное выравнивание?

J3RCALK эту ситуацию выравнивает, но почему-то только в видимом режиме. Через call transaction с запуском в фоне немедленно все олично выравнивает, а если запланировать периодическое выполнение - нет( Докмуенты находит, но выравнивание не производит. В чем может быть причина?

1. Не очень понятен смысл фразы "Через него получится делать частичное выравнивание?"...
Если у вас платеж по ТП, то как и ТП, так и платеж по нему уже содержат ссылку на фактуру (BSEG-REBZG). Соответственно, документ платежа сам и будет частичным выравниванием фактуры. Зачем что-то еще делать?
2. Когда у вас фактура будет полностью оплачена частичными платежами, вот тогда и запускается программа автовыравнивания J_3RCALK с опцией "Требуется ссылка на счет". Программа по ссылке на счет (BSEG-REBZG) подберет платежи и выравнит все документы (фактуру и платежи). Вы это имеете в виду?
3. Для фоновых заданий существуют дополнительные проверки полномочий, может в вас нет полномочий? Что пишется в журнале выполнения фонового задания?

"Фишка" J_3RCALK и такой же по дебиторам в том, что если вы хотите выравнивать итерационно , т.е. в несколько шагов , то обязательно нужно запускать в режиме Call transaction , а в Number of Consecutive Runs ставить значение побольше , на пример 999

Мы и делаем call transaction. Если запускать в видимом режиме или в фоне немедленно - выравнивание проходит без проблем.
Если планировать в фоне с теми же параметрами (с отсрочкой на минуту например или периодическое выполнение) - в логе выводится таблица со списком отобранных документов к выравниванию, но само выравнивание не проводится. Столбец с номером документа выравнивания пустой, ошибок никаких не выдает.