Каким образом можно и можно ли вообще присвоить БЕ сразу все счета плана счетов?

С учетом, что на уровне присвоения БЕ в атрибутах счета определяются основные характеристики - легко не получится!
Или LSMW или пакетник, но в любом случае, для облегчения жизни искренне советую планировать нормальный импорт атрибутов счета из MS Excel файла.
Пригодится.