на 28 сентября, сальдо по 52 счету в рублях = 10 000 руб. в валюте сальдо счета = 0.

29 сентября делается ещё одно поступление по 52 счету, скажем, на 1 доллар по курсу 30 рублей за доллар. в итоге сальдо в валюте = 1 доллар, в рублях = 10 030 рублей.

делаю переоценку по 52 счету на 30 сентября. курс доллара на день переоценки, скажем = 31 рубль за доллар.
делается поводка по переоценке на сумму 10 061 (!) рубль, то есть 10 030 + 31*1. хотя, на мой взгляд, переоценка должна быть на сумму 10 031 рубль.

что не так? почему так получается?

Переоценка должна быть 31 минус 10030 = -9999.
Если 0 USD 10000 RUB рублей были по кредиту, а 1 USD 30 RUB по дебиту, то переоценка должна быть 31 плюс 10030 = 10061. А это как раз то, что вы получаете.
Вы дебет с кредитом не перепутали?

спасибо, кажется я разобралась.

скажите, эта переоценка должна сторнироваться на начало следующего периода?

Нет